En 1984, realizó el rescate arqueológico las Tumbas 1 y 2 en el sitio arqueológico Pueblo Viejo de Tecomavaca, al norte del estado de Oaxaca, así como el salvamento arqueológico, en 2003-2006, en la carretera Costera del Pacífico en los tramos Salina Cruz-La Ventosa-Arriaga, entre otros.
Su labor como investigador en el INAH quedó plasmada en el libro Un mito de creación zapoteca en las pinturas rupestres de Dani Guiaati’, y en la coautoría del volumen San Jerónimo Taniqueza, arqueología, historia e identidad de un pueblo zapoteco del Istmo de Tehuantepec.
Entre los artículos y ensayos que dio a conocer en revistas como Cuadernos de Arquitectura Mesoamericana de la UNAM y Cuadernos Sur/Oaxaca, sobresalen El Corozal, un sitio arqueológico en la Costa Pacífico de Oaxaca, Pinturas rupestres y petroglifos del Istmo de Tehuantepec y Arqueología de Cerro Cristo; San Dionisio del Mar, Juchitan, Oaxaca, este último incluido en la compilación Cosmovisión y Literatura de Los Binnigula’sa, entre otros.
Recientemente, Roberto Zárate Morán se había especializado en el estudio e interpretación de los pictogramas prehispánicos en el Istmo, principalmente en las pinturas rupestres de la Ba’cuana de Ixtaltepec, en Oaxaca.
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